La începutul secolului al XVIII-lea comunitatea romano-catolică din Gherla era slujită de preoți mendicanți franciscani ce se deplasau din Dej pentru oficierea slujbelor religioase. Apoi, în anul 1748, încep construcțiile pentru noua biserică, pe un teren donat enoriașilor catolici-franciscani de către primarul de atunci, Daniel Todor. Construcția este finalizată, sființită și dată spre folosință în 1758. În anii următori a fost construită Capela Maria de Loretto (în 1760) și edificată aripa estică a claustrului (1766). În anul următor au fost realizate cele două altare din piatră, realizate în stil baroc și amplasate de-o parte și de alta a navei, închinate Sfântului Anton și Sfântului Francisc. Biserica poartă hramul Sf. Petru de Alcantara, este orientată, în mod tradițional, pe direcția vest-est (cu altarul în est), și este prinsă în ansamblul arhitectural al claustrului mănăstirii franciscane.

Acest spațiu are o importantă culturală și istorică deosebită, fiind un exemplu tipic pentru arhitectura barocă a secolului XVIII din Transilvania. Noi lucrări de reabilitare au avut loc în perioada 2018-2022, iar acest proiect este considerat ca fiind cel mai complex din ultimii ani, pe plan național. Fiind un lăcaș de cult cu o valoare spirituală deosebit de puternică, Biserica și claustrul Mănăstirii Franciscanilor din Gherla este o stație a pelerinajului Calea Preasfintei Fecioare Maria (Via Mariae), al cărei ax principal leagă sanctuarele mariane Mariazell (Austria) de Şumuleu-Ciuc (România) și a itinerariilor înspre renumita mănăstire de la Nicula.